水产养殖用药的残留是指水产品的任何可食部分所含药物的母体化合物或（和）代谢产物，以及与药物母体有关的杂质的残留。因此，药物残留既包括原药，也包括药物在动物体内的代谢产物。此外，药物或其代谢产物还能与内源大分子共价结合，形成结合残留，它们对靶动物具有潜在毒性作用。除此之外，水产养殖用药的残留还应考虑药物在水环境中的生态残留。目前水产品中主要的药物残留有喹诺酮类、抗生素类、磺胺类和呋喃类以及某些激素等。

最高残留限量（Maximum Residue Limits， MRLs）是指药物或其他化学物质允许在水产品中残留的最高量，是确保水产品质量安全的国家强制性标准。它对评估水产养殖用药残留，决定水产品安全性，制定水产养殖用药的休药期起着重要的作用。目前药物残留水平大体上分为三类：零残留或零允许量，可忽略的允许量，安全允许量，其中安全容许量即最高残留限量。水产品中的药物残留在最高残留限量以下时，残留药量不会对人体的健康造成危害。

一般来说，水产品中的药物残留大部分不会对人导致急性毒性作用，但是如果人们经常摄入含有低剂量药物残留的水产品，残留的药物可在人体内慢慢蓄积而导致各器官的功能紊乱或病变，产生毒性作用、过敏反应和变态反应，导致耐药菌株产生、正常菌群的失调，产生致畸、致癌、致突变作用和激素作用，严重危害人类的健康。具体来说，药残的危害主要有：（1）产生毒性作用。如果长期摄入含有药物残留的水产品，残留药物就会在人体内蓄积，当达到一定浓度后，会对人体产生慢性毒性和蓄积毒性作用，损害特定脏器。如氨基糖苷类药物可损伤人的听力；氯霉素可以引起再生障碍性贫血，导致白血病的发生；磺胺类药物在酸性尿中溶解度降低，析出结晶后引起肾损害。（2）产生致癌、致畸、致突变作用。对人类会产生较强的致癌、致畸、致突变作用的药物有孔雀石绿、双甲眯、氯霉素等。这类药物严重威胁人类的身体健康，大部分国家均已禁用。（3）产生变态反应。变态反应又称过敏反应。有些药物具有抗原性，如青霉素、四环素、某些氨基糖甙类抗生素以及磺胺等，它们的残留能刺激机体的形成抗体，使敏感人群产生过敏反应，严重者可导致休克甚至死亡。（4）产生激素样作用。甾类同化激素或非甾类同化激素药物的残留经食用后，会产生一系列激素样作用，造成人类生理功能紊乱，引发儿童早熟、性别异化等潜在发育毒性等现象。（5）导致耐药菌株产生。残留的药物易导致病原菌基因突变和转移，对药物产生耐受性，形成耐药菌株，一旦这类病原菌的耐药质粒传递给人类，就会给人类临床感染性疾病的治疗带来一定的困难。耐药菌株感染往往会延误正常的治疗过程。研究发现在乳、肉和动物脏器中都存在耐药菌株，当其作为食品被人食用后，耐药菌株就可能进入消费者消化道内。至今具有耐药性的微生物通过动物性食品移生到人体内而对人体健康产生危害的问题尚未得到解决。（6）导致菌群失调。在正常情况下，人体肠道内的各种菌群是与人体的机能相互适应的，如果肠道内受到残留药物的影响会使一些非致病菌的死亡，造成肠道内菌群的平衡失调、紊乱，从而导致长期的腹泻或引起维生素的缺乏等反应，对人体产生危害。（７）产生水环境生态毒性，破坏生态平衡。药物以原型或代谢物的形式随粪、尿等排泄物排出或直接在水环境中均会造成水环境中药物的残留，药物残留对低等水生动物具有较高的毒性作用，使环境中对药敏感的种群消失，破坏水域生态平衡。